SEO SIMPLE PACKのssp_output_robotsフィルターで、任意のカテゴリーアーカイブをまとめてnoindexにすると良いかと思います。

function kanta_customize_robots_for_categories( $ssp_robots ) { 
    // noindex を適用するカテゴリースラッグを定義
    $target_category_slugs = ;

    // 現在のページがカテゴリーアーカイブかつ、スラッグが対象に含まれる場合
    if ( is_category( $target_category_slugs ) ) {
        return 'noindex';
    }

    // それ以外はデフォルトの値をそのまま返す
    return $ssp_robots;
}
add_filter( 'ssp_output_robots', 'kanta_customize_robots_for_categories' );

noindex設定するカテゴリースラッグをtarget_category_slugsに編集し、Code Snippetsプラグインや子テーマのfunctions.phpに貼り付けてください。

投稿編集画面の下部のこのページの”robots”タグは問題なくリストボックスの画面が表示されて選択できます。タグ、カテゴリー、カスタムタクソノミーの編集画面のみ、表示がおかしいようです。対処方法をご教示いただけますと幸いです。