こんにちは。

＞functions.phpの7行目を確認したところ、
＞すでに「/style.css」となっており、ドットはありませんでした。

今、確認したところ、子テーマのCSSが正常に読み込まれていました（.は消えていました）。


＞この値がSWELLのset_mv.jsによって
＞異常にセットされているようです。
＞他に確認すべき点はありますでしょうか？

確認したところ、set_mv.js自体が直接の原因というより、ヘッダー内のプロフィールウィジェットが影響している可能性が高いと思います。

実際にHTMLを見ると、

<div class="w-header pc_">

の中に、

<div id="swell_prof_widget-3" class="w-header__item widget_swell_prof_widget">

が出力されていました。

そのため、ウィジェットの「ヘッダー内部」などにプロフィールウィジェットが入っている場合は、一度外して確認してみてください。

プロフィールウィジェットの本文がヘッダー内で展開されているため、ヘッダー全体の高さが大きくなり、その結果として `--swl-offset_y` に大きな値が入っている可能性があります。

また、根本的な解決ではありませんが、応急処置として以下のCSSを追加すれば、表示は本来に近い形に戻ると思います。

#header .w-header.pc_ .widget_swell_prof_widget {
display: none;
}

ただし、このCSSはヘッダー内のプロフィールウィジェットを非表示にするだけなので、最終的にはウィジェットの配置を見直すのがよいと思います。

解決に繋がれば幸いです。