ありがとうございました！

 パーマリンク、カスタムでカテゴリ別になるように弄ったからでしょうか…。（以前のサイトをそのように作成していたため）
ワードプレスのサポートフォーラムにも質問しつつ、この辺をちょっと見てみようと思います。

どうすれば改善できるかはちょっと分かりませんが、テーマの問題というより構造の問題の可能性が大きそうなので、一度WordPressの方のサポートフォーラムに投げてみるとよいかもしれません。

「２」をクリックすると最初から用意されていた「サンプルページ」に飛んでしまったため、サンプルページを削除したところ、「ページが見つかりませんでした。」のページになってしまいます。

（昨日カテゴリ関係で質問し、functions.phpについて教えて貰いましたが、まだそこは一切触っていません）

ページャーが表示される、すべてのカテゴリで同じ問題が起こってしまっています。
直し方、あるいは回避方法（１ページで表示される記事数を999件に設定するとか）があれば教えて欲しいです。
よろしくお願い致します。