すみません、どういうことでしょうか、とはどういうことでしょう…？

いただいたURLはメンテナンスモードのような状態になっていました。

WooCommerceプラグインのCSSコードによる影響です。

「プラグインを停止しても同じことが起こることを確認しました」にチェックを入れているようですが、プラグインを停止すれば解消されます。プラグインを停止しても改善しない場合はキャッシュをクリアしましょう。

WooCommerceプラグインを有効化するとbody_classに「woocommerce」「.woocommerce-***」など、WooCommerce固有のクラスがフィルターされます。WooCommerceの次のCSSがロゴ画像に干渉しているので、どうしてもWooCommerceを使いたい場合は強めのコードを当てるカスタマイズをされると良いかと思います。

.woocommerce img, .woocommerce-page img {
height: auto;
max-width: 100%;
}

@swell_mania ありがとうございます。追加コードCSSにコードを追加しても消されないですね。

@chelxear 念のため補足ですが、SWELLでは正式にWC対応を謳っていないので、第三者プラグインによって生じた問題はSWELLの不具合ではありません。詳細については改めてガイドラインをご確認ください。

ガイドライン上、本来はフォーラムの回答がなくても不自然ではなので、SWELL自体に関する相談はこちらに、WPやWCなど第三者プラグインやコア（WP本体）に関する相談はそれぞれのサポートフォーラムも併用するようにすると、色々とお悩みを解決しやすくなるかもしれません。