今回、具体的にどのようなHTMLコードを入れたのでしょうか？
また、今回の問題の切り分けとして、それはSWELLテーマのみで発生する問題でしょうか？（たちえば、Twenty Twenty-Oneテーマに切り替えた際も、同様に発生しますでしょうか？）

また、もしもカスタムHTMLブロックで当該現象が継続するということであれば、根本の問題解決には至らないですが、他の方法として該当のHTMLコードをadd_shortcodeフックでショートコード化して、それで作成したショートコードをブロックエディタ内に配置してみるのはいかがでしょうか？

上記はWeb制作者の方であれば、おそらく対応できうる内容にはなるかと思われます。
必要なHTMLをショートコード化しておくと、誤ってHTMLコードを消去するリスクが低減することにも繋がるかと思われます。
（万一、ショートコード自体を削除しても、ショートコードを元の位置に再度挿入すれば復旧が可能になります）

ここではプログラミングに関する回答は行っていないので、あくまで上記については「ヒント」としてご案内しております。
また、もしも他テーマでも同様に発生する問題の場合には、問題切り分けとしてテーマ固有の問題ではないので、ここではサポートができかねるかと思います。

現時点では情報が不足しているため、上記範囲のみの回答となります。

また、SWELLのみで発生する問題であれば、もちろん継続してサポートは可能かと思われますので、その際には挿入して実際に消去されてしまう（非表示になってしまう？）HTMLコードをご提示いただければと思います。

カスタムHTMLはコアのブロックでテーマ側から特に何もいじってはいないので、テーマが原因の可能性は低そうです。

なにかHTMLコードにミスがあるか、ブロクエディターで許可されていないコードを含めてしまっているのかもしれませんので、コードを少しずつ変えたりして問題の部分を探してみて下さい。

>>しらこさま

>>了さま

ご丁寧にありがとうございました。

いただいた内容を製作者様にお伝えしてみます。

アドバイスいただいたように調整したところ、問題なくブロックエディタを使用できるようになりました、とのことです。

どうもありがとうございました。