これはWEBではあるあるなのですが、日本語フォントの問題ですね。
padding等の数値的には中央に指定しています。

日本語は下側の余白の方がほんの少しだけ大きくなる状況というのがよく起こります。

ブラウザや使用するフォントの種類によって変わるので全てに対応はできず、また特定のフォントに対して調整しようにも、ボタンの中が日本語だけの場合やアルファベットだけの場合もあり、日本語だけのケースのためにテーマで全体を調整してしまうと今度はアルファベットだけの場合に下に寄ってしまう形になります。

ほんの少しの差でもどうしても気になってしまう場合は、ボタンごとにご自身で微調整してください。